大致按照如下步骤解决：
1：下载首页的 jfinal_demo_for_maven.zip 这个 demo

2：拿到里头的 package.xml

3：在 package.xml 中的 fileSets 标签下面添加 fileSet 子标签，配置将 target/classes 下的文件复制到被部署的 classes 目录下面，大至如下：
《fileSet》
《directory》${basedir}/target/classes《/directory》
《outputDirectory》classes《/outputDirectory》
《/fileSet》

4：修改 package.xml 中的 dependencySets 标签，添加 excluded 标签过滤掉对项目自身 jar 包的复制，大致如下：
《excludes》
《!-- **/* 前缀用法，可以匹配所有路径，例如：**/*.txt --》
《exclude》my-project.jar《/exclude》
《/excludes》

5：修改 jfinal.sh 启动文件，在 -cp 参数中添加 classes 目录，指向你自己新建的目录，大致如下：
CP=${APP_BASE_PATH}/classes:${APP_BASE_PATH}/config:${APP_BASE_PATH}/lib/*

最后，分别解释一下上面的各个步骤：
1：第一步拿到 demo 可获取 package.xml、pom.xml、jfinal.sh 这三个用于开发、部署的配置

2：第二步，不用解释

3：第三步本质就是在原有项目部署的结构之上，再多复制一个 target/classes 到部署项目的根下面的 classes 下面。当然这个目录的名称你可以随便改，不一定是 classes

4：第四步本质就是避免将项目本身 .class 文件打成的 jar 包复制到 lib 目录下面，因为你希望是使用 classes 目录下面的 .class 文件，而不是使用 jar 内的 .class 文件。

为了避免可能造成的冲突，所以第四步中添加了 excludes 来地滤那一个 jar 包， 具体的 jar 包名你要写正确，以免过滤不到，jar 包可能带有版本号，所以可能需要使用通配符来匹配，例如：
《exclude》my-project*.jar《/exclude》

5：第五步是改变启动脚本，将部署时创建的那个 classes 目录包含进 CP 参数，好让项目在启动的时候能够去该目录下面寻找资源，CP 是 CLASSPATH 的缩写

@JFinal 老大回复真迅速，谢谢，我马上试试

@JFinal 感觉大佬指点，我这边的需要搞定了。
现在采用的是直接只使用第5步，只改启动文件的CP配置，把自定义的classes目录放在前面。其他都按照jfinal_demo_for_maven的不变，项目jar包依然打，只把自己与第三方jar包冲突的class放入配置的classes目录里面(添加完整包路径)即可优先加载自定义classes目录的class文件。
谢谢

@vigo 如果你的 .class 文件是额外放置的，的确只需要修改主启动的 CP 配置

这里要注意一个问题，classes 目录下与 jar 包内存在同名的类的时候，jar 包内的会被加载，而 classes 目录下面的同名类将会被忽略

@JFinal cp的多个路径 配置顺序 会影响加载类的优先级吗?

@chcode 应该不会影响

@JFinal 我这边刚刚测试的结果好像可以通过CP配置指定类加载优先级。
测试过程:我重写的shiro中的一个类，shiro的jar中的class没有删除，我自己项目打包出来的jar里面的同名类也打进去了，然后添加了一个编译好的class到CP配置的classes目录下。
测试出来的结果:
win10开发电脑运行bat：CP不指定classes目录或者CP配置的时候将${APP_BASE_PATH}/classes:放在lib后面，加载的是项目打包出来的my-project.jar中的class；CP指定classes并放在CP的最前面时，加载的是放置在classes文件夹中的class。
CentOS7运行sh：CP不指定classes目录或者CP配置的时候将${APP_BASE_PATH}/classes:放在lib后面，加载的是shiro-core.jar中的class；CP指定classes并放在CP的最前面时，加载的是放置在classes文件夹中的class。

@vigo 我之前的测试好像也和你一样

测试了一下：
使用
set CP=%APP_BASE_PATH%config;%APP_BASE_PATH%lib\*;%APP_BASE_PATH%classes
会报错：
java.lang.ClassCastException: com.xir.xverse.core.XVerseConfig cannot be cast to com.jfinal.config.JFinalConfig

改为：
set CP=%APP_BASE_PATH%config;%APP_BASE_PATH%lib\*;%APP_BASE_PATH%classbean
则可以正常运行

是因为classes比较特殊么？