war包classes里面也有sql文件夹

将 arp.setBaseSqlTemplatePath(...) 改成下面的代码：
Engine engine = arp.getEngine();
engine.setSourceFactory(new ClassPathSourceFactory());
arp.addSqlTemplate("sql/all.sql");

ClassPathSourceFactory 会去 class path 以及 jar 包中读模板文件，即便你将来将 sql 打在 jar 包中都可以使用

其实最新版本的文档已经建议使用这种方式配置了：
http://www.jfinal.com/doc/5-13

你碰到的问题可以是路径不对，也可能是大写问题， linux 下区分大小写，而 windows 不区分，无论什么原因，都建议使用：ClassPathSourceFactory

@JFinal 感谢波总，最开始是文件找不到，后来我换成/sql/all.sql后没注意大小写，非常感谢，以后一定好好注意大小写！！！